Учёный совет Академии акварели и изящных искусств Сергея Андрияки – выборный представительный орган, осуществляющий общее руководство Академией. В компетенции Учёного совета: вопросы организационной деятельности Академии, нормативно-документальное обеспечение его деятельности, а также образовательной, методической, научной и воспитательной деятельности Академии.
В состав Учёного Совета по должности входят: ректор – председатель Учёного совета, проректоры, деканы факультетов, главный бухгалтер Академии, начальник планово-финансового отдела.